Однажды в небе над Нью-Йорком открылся портал в другое измерение, через который в мир людей попали различные монстры и жуткие создания. Нью-Йорк перестал существовать, а на его месте появился Хэллсалем — новый город под колпаком, в котором люди и монстры живут бок о бок. Организация «Либра» следит за порядком в городе и защищает остальной мир от новых жителей Хэллсалема. Вскоре в ряды «Либры» вступает Леонардо Уотч, который стал обладателем сверхспособностей.

Однажды вечером в квартире нелюдимого техногика Эиты Акуцу появляется жизнерадостная и популярная девчонка Макина Агацума. Счастью парня, который тайно мечтал о Макине, нет предела, но когда она раздевается перед ним, он с изумлением видит, что у неё механическое тело. Оказывается, Макина — робот, созданный для интимной близости, но лишённый доступа к любой информации про взрослые отношения. Эита же — чистосердечный девственник, которого ужасно смущают всякие непотребства. Так начинается их тайное совместное проживание, узнать о котором не должен никто.

Конец 90-х. Приехав в Японию, Джейк Адельштейн становится первым иностранным журналистом в крупнейшей газете страны. Постепенно амбиции парня приводят его в опасный мир токийского криминала. Различные кланы местной мафии — якудза — постоянно ведут междоусобные бои, а репортер смело пишет об этом. Детектив Хирото Катагири берет Джейка под свое крыло и снабжает его полезной информацией, взамен получая много ценных сведений от наивного американца.

Молодой безработный игроман Рёхэй Арису в очередной раз поссорился с отцом и старшим братом и ушёл из дома. Он встречается с двумя закадычными друзьями — один прогуливает работу, а другого уволили — в районе Сибуя, где ребята видят в небе странный салют, а после троицу накрывает новая реальность. Друзья оказываются в пустынной версии Токио и выясняют, что теперь им предстоит участвовать в жестоких играх на выживание, после успешного прохождения которых им будут выдаваться визы на несколько дней. Проигравших ждёт смерть, вышедших из игры ждёт смерть, и тех, кто отказывается продлевать визы, тоже ждёт мгновенная смерть от небесного лазера.

Старшекласснику Лайту Ягами в руки попадает тетрадь синигами Рюка. Каждый человек, чьё имя записать в эту тетрадку, умрёт, поэтому Лайт решает бороться со злом на земле.